Eine erste Periode umfasst den Beginn bis zur Nara-Zeit (710-784), gekennzeichnet durch den anfänglichen Widerstand aristokratischer Kreise um den Staats-Shinto, bis Shotoku Taishi (574-622) den Buddhismus durch Konsultationen authentischer chinesischer Quellen förderte. Er schrieb Kommentare zu verschiedenen Sutras und baute viele Tempel. Ab 741 ließ Kaiser Shomu mit staatlichen Mitteln Tempel in allen Gegenden des Reiches errichten. Die sechs in dieser Epoche gegründeten Schulen waren:
Als dritte Periode gilt die Kamakura-Zeit (1185-1333), gekennzeichnet durch die verfallende kaiserliche Gewalt in Kyoto und die Militärregierungen in Kamakura einerseits und neue buddhistische Bewegungen, die in Konflikt mit den etablierten Schulen gerieten, andererseits. Honen (1133-1212) gründete die Schule des Reinen Landes (Jodo), die alle buddhistischen Wege in solche der Praxis mittels eigener Kraft (jiriki) und des Glaubens an die Gnade von außen (tariki) unterteilte. Die Zustände seiner Zeit widerspiegelnd, beschrieb er die Natur des Menschen pessimistisch, weshalb er ganz auf tariki, d.h. auf die Abhängigkeit von Amidas Gnade, baute, derer man durch die einfache Rezitation seines Namens (nembutsu) teilhaftig werden konnte.
Shinran (1173-1262) radikalisierte diese Lehre und machte seine Bewegung Jodo Shin-shu zu einer echten Laienreligion. Rinzai-Zen wurde von Eisai (1141-1214), Soto-Zen von Dogen (1200-1252) nach Japan gebracht. Nichiren (1222-1282) stützte sich im Gefolge der Tendai-Schule ganz auf das Lotos-Sutra und kritisierte alle anderen Schulen scharf.
Während der vierten Periode, der Tokugawa-Zeit (1600-1867) wurde der Buddhismus als Staatsreligion institutionalisiert. Seit 1638 musste sich jede japanische Familie einem Tempel zugehörig erklären. Die Zahl lokaler Tempel und ihre finanzielle Basis wuchs, Dorftempel wurden hierarchisch einigen Haupttempeln zugeordnet, so dass eine buddhistische Zivilreligion unter staatlicher Kontrolle entstand, die geistig-moralische Qualität des Buddhismus aber geschädigt wurde. Im 17. Jahrhundert drängte der Neo-Konfuzianismus den Einfluss des Buddhismus zurück.
Die fünfte Periode (seit der Meiji-Restauration 1868) nahm dem Buddhismus die staatlichen Privilegien und bevorzugte Shinto und Staatsshinto. Auf die industrielle Modernisierung reagierten die buddhistischen Schulen mit der Gründung buddhistischer Universitäten, der historisch-kritischen Erforschung der eigenen Quellen und starken Laienbewegungen wie der Soka Gakkai (1930 gegründet von Tsunesaburo Makiguchi) und der Rissho Koseikai (1938 gegründet von Nikkyo Niwano).